根據媒體報導，台南民間動物收容所爆出流浪狗被當成實驗狗的案例，動保人士批評，政府對民間動物收容所放任不管，讓不肖收容者把流浪動物送去做實驗，甚至任意宰殺，問題多多。

對此，農委會回應，現行管理作業規範已明文規定公立收容所的收容動物不得提供進行試驗，已請地方政府清查並不定期訪查，以了解動物飼養狀況，確保動物福利。

對於動保人士批評，政府對民間流浪動物收容所「不敢管也不想管」。農委會畜牧處表示，不論實驗動物來源，只要是進行動物科學應用的機構，都應該依照「動物保護法」成立實驗動物使用及照護小組，依取代、減量及精緻化原則進行試驗的審核，並監督試驗過程是否妥善照護動物。

畜牧處指出，已有明確規定「收容動物活體不得提供學術或研究單位進行試驗」，至於民間動物收容所也應該依據「動物保護法」妥善照養動物，針對民間動物收容所，已責請地方政府清查並不定期訪查，也成立民營動物收容所輔導計畫，透過專家現場輔導，提供飼養者正確觀念。

畜牧處強調，就科學試驗品質而言，利用來源不明的動物進行試驗，實驗結果易有瑕疵，況且民間收容所私自將所養犬隻供作實驗動物做法的確不恰當，未來將就各科學應用機構加強教育宣導，避免再發生類似情事。